GST pulldown 实验通常用于研究蛋白质 - 蛋白质之间的相互作用，一般不用于直接验证蛋白质与其他非蛋白质分子（如核酸、小分子化合物等）的相互作用，主要原因如下：

    实验原理限制：GST pulldown实验利用谷胱甘肽 S - 转移酶（GST）与谷胱甘肽（GSH）的特异性亲和结合特性。将感兴趣的蛋白质与 GST 融合表达，形成 GST - 融合蛋白。该融合蛋白可以结合到固定在琼脂糖珠等介质上的 GSH 上，形成亲和吸附体系。如果细胞裂解液等样品中存在能与该融合蛋白相互作用的其他蛋白质，就会被 “拉下来”，通过 SDS-PAGE 等方法进行检测。这种基于蛋白质与蛋白质之间通过结构域、氨基酸残基等相互作用的原理，对于非蛋白质分子并不适用，因为非蛋白质分子通常没有与 GST 或 GSH 相互作用的结构基础，也难以通过这种亲和吸附的方式来捕获与蛋白质的相互作用。

    结合特异性问题：GST pulldown 实验依赖于蛋白质表面特定的结构域或氨基酸序列来实现相互作用的特异性识别。而蛋白质与非蛋白质分子的相互作用往往基于不同的化学机制，如核酸与蛋白质的相互作用可能依赖于碱基序列、电荷作用等，小分子化合物与蛋白质的相互作用可能依赖于特定的结合口袋、氢键等。这些相互作用的特异性与蛋白质 - 蛋白质相互作用的特异性不同，GST pulldown 实验中的 GST - 融合蛋白难以针对非蛋白质分子提供特异性的结合位点，容易出现非特异性结合或无法有效捕获真实相互作用的情况。

    如果要研究蛋白质与非蛋白质分子的相互作用，通常会采用其他一些专门的技术方法，如凝胶迁移实验（EMSA）用于研究蛋白质与核酸的相互作用，表面等离子共振（SPR）、等温滴定量热法（ITC）可用于研究蛋白质与小分子化合物等的相互作用。