在定制化DNA合成中，甲基化、生物素标记这类修饰碱基的引入通常会影响合成效率，不过影响程度会因修饰类型、修饰位点以及合成体系的不同存在差异，具体情况如下：

     甲基化修饰碱基：甲基化修饰常通过改变碱基结构与酶的相互作用，或干扰DNA链的正常延伸进程来降低合成效率。DNA聚合酶的活性位点袋状结构是为适配天然核苷酸设计的，碱基上引入甲基后，会破坏核苷酸与聚合酶活性位点残基的相互作用，让聚合酶难以顺利结合并催化其掺入DNA链。而且在三代测序的SMRT技术中也能观察到，聚合酶遇到甲基化碱基时合成速度会明显变慢。同时甲基化位点还可能成为DNA合成时复制叉移动的障碍，减缓复制叉推进速度，间接降低整体合成效率。不过也有少数甲基化修饰如部分m5U等，其掺入效率与天然碱基接近，对合成效率的影响较小。

    生物素标记修饰碱基：这类修饰对合成效率的影响和连接体设计密切相关。生物素基团相对庞大，若直接连接在核苷酸上，会因空间位阻阻碍聚合酶对核苷酸的识别与掺入，大幅降低合成效率。但通过合理设计连接臂可改善这一问题，比如常用的Biotin-11-dUTP，其名称中的“11”代表dUTP与生物素间有11个原子的连接体，这种结构能减少空间位阻。在优化条件下，这类带合适连接臂的生物素标记碱基掺入率可与天然dTTP相当，能达到90%以上。要是连接体过短，依然会干扰聚合酶的催化作用，导致合成过程中碱基掺入不顺畅，进而影响合成效率。

    在酶促合成体系中，聚合酶的种类也会影响修饰碱基带来的效率变化。比如部分聚合酶对甲基化碱基耐受性较差，而Kf（exo-）DNA聚合酶等对一些修饰碱基的适配性较好，能一定程度上弥补修饰碱基带来的合成效率损失。