RNA Pull Down和 RIP（RNA免疫沉淀）有以下区别：

1、实验原理：

    RNA Pull Down：是一种体外实验方法。先将目标RNA序列进行修饰，如生物素化或标记，然后与细胞裂解产物或核酸提取物孵育，形成RNA-蛋白质复合物。接着通过亲和层析，利用固相支持物（如磁珠或琼脂糖树脂）捕获该复合物，经洗涤去除非特异性结合物质，最终得到RNA及其结合蛋白质的复合物。

    RIP：是一种体内实验方法。利用特异性抗体针对目标RNA结合蛋白，将细胞裂解并准备细胞提取物后，添加抗体与RNA所结合的蛋白质形成免疫复合物，再通过免疫沉淀步骤将 RNA - 蛋白质复合物捕获在固相支持物上，洗涤后通过酶解或其他方法从复合物中提取 RNA 和蛋白质。

2、实验目的：

    RNA Pull Down：主要用于鉴定和研究RNA与特定蛋白质的相互作用关系，可发现新的RNA结合蛋白质，侧重于在体外确定RNA与蛋白质之间是否存在直接相互作用以及鉴定相互作用的蛋白质。

    RIP：旨在研究细胞内特定RNA与蛋白质间的相互作用，用于确认已知的RNA结合蛋白质在体内与哪些RNA结合，或发现新的与特定RNA相互作用的蛋白质，更强调在细胞内生理状态下研究RNA-蛋白质的相互作用。

3、实验操作：

    RNA Pull Down：操作相对简单，主要包括RNA探针标记、与细胞提取物孵育、复合物捕获和洗涤、分析等步骤。不需要进行细胞交联等复杂操作，但需要制备高质量的RNA探针和优化孵育条件等。

    RIP：实验步骤较为复杂。通常需要先对细胞或组织样本进行交联，以稳定RNA和蛋白质的相互作用，然后进行细胞裂解、抗体孵育、免疫复合物沉淀、洗涤、去交联以及RNA和蛋白质的提取等多个步骤，每个步骤都需要严格控制条件以保证实验结果的准确性。

4、实验材料：

    RNA Pull Down：需要标记的RNA探针、细胞裂解液或核酸提取物、固相支持物（如链亲和素标记的磁珠）等。

    RIP：需要细胞或组织样本、针对目标蛋白的特异性抗体、蛋白质 A/G 磁珠或其他用于免疫沉淀的材料、交联剂等。

5、结果分析：

    RNA Pull Down：得到的复合物可通过Western blotting检测已知的 RNA 结合蛋白是否与目标RNA相互作用，也可通过质谱分析鉴定与RNA结合的未知蛋白质，还可以通过下一代测序等技术分析与RNA相互作用的蛋白质的编码基因等。

    RIP：通过RT-qPCR可定量分析免疫沉淀复合物中特定RNA的富集情况，确定其与目标蛋白的结合程度；通过高通量测序（RIP-seq）可全面分析与目标蛋白相互作用的RNA谱，发现新的RNA靶标。