在CoIP免疫共沉淀实验中，诱饵蛋白和猎物蛋白是用于验证蛋白质间相互作用的两个核心概念，二者的定义和功能区分明确：

1、诱饵蛋白

    指的是实验中已知的、用于捕获互作蛋白的目标蛋白。实验时会先针对诱饵蛋白制备特异性抗体，利用抗体将诱饵蛋白及其结合的蛋白复合物从细胞裂解液中沉淀下来，它是启动免疫共沉淀反应的“锚定蛋白”。

2、猎物蛋白

    指的是与诱饵蛋白存在相互作用、被诱饵蛋白“捕获”的未知或待验证的蛋白。猎物蛋白本身不会被直接沉淀，而是因为和诱饵蛋白结合，才会随诱饵蛋白-抗体复合物一起被分离出来，后续可通过WesternBlot、质谱等手段鉴定或验证。

选择合适的诱饵蛋白抗体是CoIP实验成功的关键，需遵循以下几个核心原则：

1、优先选择特异性强的抗体

    抗体需能高度特异性识别诱饵蛋白，且与样本中的其他蛋白无交叉反应，否则会导致非特异性沉淀，干扰实验结果。优先选择经过CoIP实验验证过的抗体，这类抗体的说明书通常会标注“Validated for CoIP”。

 

2、考虑抗体的抗原表位与结合状态

    诱饵蛋白在细胞内多以结合态存在，因此抗体识别的抗原表位不能被诱饵蛋白与猎物蛋白的结合区域所覆盖，否则会阻碍蛋白间相互作用，无法沉淀到蛋白复合物。同时，避免选择识别融合标签（如His、Flag）的抗体时，标签的位置影响蛋白互作。

 

3、选择合适的抗体亚型和种属来源

    CoIP实验中常需要用Protein A或Protein G琼脂糖珠沉淀抗体-蛋白复合物，不同亚型的抗体与Protein A/G的结合效率不同，比如兔源IgG与Protein A结合效果较好，可根据抗体亚型匹配对应的琼脂糖珠。另外，抗体的种属来源需与后续检测抗体的种属区分开，避免交叉反应。

 

4、保证抗体的亲和力与效价

    抗体需具备足够的亲和力，才能在温和的裂解和孵育条件下稳定结合诱饵蛋白；同时抗体效价要高，过低的效价会导致诱饵蛋白沉淀效率不足，无法检测到低丰度的猎物蛋白。

 

5、避免使用可能破坏蛋白复合物的抗体

    尽量选择非变性条件下能结合诱饵蛋白的抗体，避免使用需要变性处理才能识别抗原的抗体，因为变性条件会破坏蛋白质的天然构象和相互作用。