基因合成的成本主要由片段长度、纯度等级、密码子优化、交付形式决定，同时还受合成难度、订单量、交付周期等因素影响。

1、核心影响因素

    片段长度：这是最核心的决定因素，长度越长合成难度越高、出错率增加，成本呈非线性上升，通常短片段（<500bp）单价低，长片段（>3kb）单价显著提高。
纯度等级：不同纯度对应不同纯化工艺，成本差异明显。常用纯度包括标准级（适用于常规克隆）、PAGE级（去除短片段杂质，适用于测序、表达）、HPLC级（最高纯度，适用于高要求实验）。

    密码子优化：需生物信息学设计适配特定宿主（如大肠杆菌、哺乳动物细胞）的密码子，优化服务会额外收取设计和验证费用，优化复杂度越高成本越高。
交付形式：交付物类型直接影响成本，常见形式有冻干DNA片段（成本最低）、质粒（需克隆构建，成本增加）、菌液（含质粒提取步骤，成本更高）。

2、其他影响因素

    合成难度：含高GC含量（>65%）、重复序列、发夹结构的片段，需特殊工艺，会额外收费。

    订单量：批量合成多个片段时，厂家通常提供折扣，单条合成成本低于多条单独合成。

    交付周期：加急服务（如24-48小时交付）需支付额外加急费，常规周期（3-5天）成本更低。

    附加服务：如序列验证（测序确认正确性）、亚克隆到指定载体、突变体构建等，都会增加相应成本。