酵母单杂交主要用于研究蛋白质与DNA相互作用，通常不直接用于筛选小分子化合物与DNA相互作用，但可间接用于相关研究。

    原理限制：酵母单杂交的原理是基于许多真核生物转录激活因子具有DNA结合结构域和激活结构域，将感兴趣的DNA序列（如启动子等）作为诱饵与报告基因融合，若转录因子能与该DNA序列结合，就能激活报告基因表达，从而筛选出与DNA结合的蛋白质。其设计初衷和主要应用场景是鉴定与特定DNA序列相互作用的蛋白质，而非小分子化合物与DNA的相互作用。

    间接研究可能性：虽然酵母单杂交不能直接筛选小分子与DNA的相互作用，但可用于筛选能与小分子化合物结合的蛋白质，进而间接研究小分子对蛋白质-DNA相互作用的影响。例如，先将小分子化合物作为诱饵，筛选与该小分子相互作用的蛋白质，再进一步研究这些蛋白质与DNA的相互作用以及小分子对这种相互作用的调控机制。另外，也可通过酵母单杂交筛选出与特定DNA序列结合的转录因子，然后研究小分子化合物对这些转录因子与 DNA 结合能力的影响，以此间接探讨小分子与 DNA 相互作用的相关生物学效应。

    若要直接筛选小分子化合物与DNA的相互作用，通常需要采用其他方法，如凝胶迁移实验（EMSA）、等温滴定量热法（ITC）、荧光偏振等技术。这些方法可直接检测小分子与 DNA 之间的结合亲和力、结合位点等参数。