Sanger测序和NGS的核心差异集中在通量、读长、准确度和成本，选择时需围绕实验目标、样本量和分析需求精准匹配。

一、两者核心适用场景区别

1、Sanger测序（一代测序）

    聚焦已知目标的精准验证，比如PCR产物测序、质粒克隆验证、突变位点确认，尤其适合长度≤1000bp的短序列。

    适配少量样本分析，单次只能处理1-8个样本，适合样本数量≤20个的场景。
作为金标准验证工具，用于确认NGS发现的新突变、新序列，错误率低于0.001%，结果无需复杂纠错。

    适合简单分型需求，比如单一SNP位点检测、酶切位点确认等单一目标分析，操作和后续分析都很简便。

 

2、二代测序（NGS）

    主打高通量批量检测，单次可处理数百到数千个样本，适合样本数量≥20个的批量实验。

    擅长未知序列探索，比如新发突变筛查、全基因组/全外显子组分析、转录组表达谱检测，能一次性获取海量信息。

    适配复杂区域或长片段分析，比如基因组拼接、结构变异检测、微生物群落多样性分析（如16SrRNA测序），需通过短读长拼接完成。

    适合低丰度目标检测，比如肿瘤ctDNA突变、病毒低比例变异分析，可通过深度测序（测序深度＞100×）捕捉低丰度信号。

二、关键参数差异（快速判断依据）

    读长：Sanger测序读长500-1500bp，无需拼接；NGS以短读长为主，仅50-300bp，需生物信息学拼接。

    错误率：Sanger测序错误率极低（＜0.001%）；NGS错误率相对较高（0.1%-1%），需依赖软件纠错。

    通量：Sanger测序通量低，单次仅测少量样本；NGS通量极高，可同步处理大量样本和多个目标。

    成本：Sanger测序单个样本成本高（几十到几百元）；NGS批量处理时单位样本成本低（几到几十元）。

    分析复杂度：Sanger测序结果可直接读取，分析简单；NGS需依赖生物信息学工具进行拼接、注释，分析更复杂。

 

三、实验需求选择逻辑

1、先明确核心目标：

    若为验证已知序列（如克隆正确性、突变是否存在），优先选Sanger测序，精准且操作便捷。

    若为探索未知信息、批量检测或深度分析（如全基因组扫描、多基因同步检测），优先选NGS。

 

2、再结合限制条件：

    样本量少、预算有限且目标单一，选Sanger测序，无需搭建复杂分析平台。

    样本量大、需多目标同步检测，选NGS，批量处理能降低单位成本。

 

3、特殊场景优先匹配：

    需测定长片段连续序列（如完整基因克隆），选Sanger测序，读长优势无需拼接。

    微量样本、低丰度变异检测（如肿瘤循环肿瘤DNA分析），选NGS，深度测序可捕捉低比例目标。