原核与真核蛋白表达系统的核心差异集中在翻译后修饰、折叠环境等，选择需紧扣蛋白的结构复杂性和功能需求。

一、原核与真核表达系统的核心差异

1.原核表达系统（以大肠杆菌为代表）

    优势：繁殖快、培养成本低、表达量高（可达菌体总蛋白的50%），操作流程简单。
    局限：无真核蛋白翻译后修饰（如糖基化、磷酸化、二硫键正确配对），缺乏内质网和高尔基体的折叠环境，易形成包涵体（不溶性蛋白聚集），不能表达复杂膜蛋白或大分子量多功能蛋白。

    适用蛋白类型：结构简单的胞内蛋白、无修饰需求的酶、抗原片段等。

2.真核表达系统（酵母、昆虫细胞、哺乳动物细胞）

    酵母表达系统（如毕赤酵母）：兼具原核的低成本和真核的基础修饰能力，可进行糖基化和二硫键形成，表达量中等，适合中等复杂度蛋白（如单链抗体、酶类）。

    昆虫细胞表达系统（如杆状病毒载体）：修饰更接近哺乳动物细胞，能表达膜蛋白、多亚基复合物，表达量较高，适合功能验证类实验。

    哺乳动物细胞表达系统（如CHO、HEK293细胞）：可进行最接近天然状态的翻译后修饰（如复杂糖基化、磷酸化），蛋白折叠正确，活性与天然蛋白一致，但培养成本高、表达量低、操作复杂。

    共同优势：能实现蛋白正确折叠和修饰，保障蛋白天然功能。

    共同局限：成本高于原核，实验周期更长，技术门槛更高。

 

二、基于蛋白结构和功能的选择逻辑

1、优先判断蛋白是否需要翻译后修饰：

    无需修饰（无糖基化位点、无复杂二硫键）：选原核表达系统，兼顾效率和成本。

    需要基础修饰（简单糖基化、二硫键配对）：选酵母表达系统，平衡成本与修饰需求。

    需要复杂修饰（复杂糖基化、磷酸化、酰基化）或膜蛋白、多亚基复合物：选昆虫细胞或哺乳动物细胞表达系统。

 

2、结合蛋白功能需求：

    仅用于抗原制备、蛋白结构分析（无需活性）：原核系统足够，可通过变性复性处理包涵体。

    用于体外活性检测、体内功能实验、药物研发（需天然活性）：优先真核系统，尤其是哺乳动物细胞（针对人体蛋白）。

 

3、考虑实际实验限制：

    预算有限、实验周期紧张、需大量蛋白：原核或酵母系统。

    预算充足、追求蛋白高活性和天然结构：哺乳动物细胞系统。