在EMSA电泳迁移率变动分析实验中，重组蛋白和细胞核蛋白提取物是两类核心的蛋白来源，二者在使用原理、实验表现、操作要求上存在显著差异，对应的注意事项也各有侧重，具体内容如下：

一、 使用差异

1、蛋白组成与互作复杂度

     重组蛋白通常是单一、纯化的目标蛋白（如特定转录因子的DNA结合结构域或全长蛋白），其组成明确，无其他杂蛋白干扰。在EMSA中，它仅与探针DNA发生特异性结合，形成的条带单一、迁移率稳定，结果易于解读，适合验证单个蛋白与 DNA 的直接结合能力。

     细胞核蛋白提取物是从细胞中提取的混合蛋白组分，包含多种核蛋白（转录因子、组蛋白、DNA结合蛋白等）及少量核酸、脂质杂质。它能模拟体内生理状态下的蛋白-DNA互作，不仅可检测目标蛋白与DNA的结合，还能反映其他蛋白（如协同因子、抑制因子）对结合的调控作用，但形成的条带可能更复杂（存在多条迁移带），需结合特异性竞争实验区分特异性与非特异性结合。

2、结合亲和力与实验设计

     重组蛋白的结合亲和力相对稳定，实验中可通过调整蛋白浓度，精准分析结合常数（如Kd值），适合定量研究蛋白-DNA结合特性。

     细胞核蛋白提取物中目标蛋白的浓度较低，且受其他蛋白竞争或调控，结合亲和力的定量分析难度较大，更适合定性检测目标蛋白在生理状态下的DNA结合活性（如不同处理组中结合活性的差异）。

 

3、条带解读难度

     重组蛋白与探针结合后，一般只出现1–2条特异性条带（游离探针带+蛋白-DNA复合物带），背景干净，无需复杂的对照即可判定结果。

     细胞核蛋白提取物与探针孵育后，可能出现多条非特异性条带（杂蛋白与探针的非特异结合），特异性条带常被掩盖，需依赖冷竞争探针、超迁移实验（加入目标蛋白抗体）等辅助实验来确认目标条带。

 

二、 注意事项

1、 重组蛋白使用的注意事项

（1）蛋白活性保持

     重组蛋白多为体外表达纯化，易因储存不当（如反复冻融、温度过高）或纯化过程中变性而丧失DNA结合活性。需在含合适缓冲液（如含甘油、DTT、蛋白酶抑制剂）的体系中保存，实验前需检测蛋白活性（如通过预实验验证结合能力）。

     部分重组蛋白（如转录因子）的DNA结合活性依赖二价阳离子（如Mg²⁺、Zn²⁺）或特定构象，需在结合缓冲液中添加相应离子，模拟其活性构象。

 

（2）避免非特异性结合

     高浓度重组蛋白可能因电荷作用与探针DNA发生非特异性结合，需在反应体系中加入非特异性竞争DNA（如poly (dI:dC)），阻断非特异性结合位点；同时设置仅探针的阴性对照，区分游离探针与非特异性条带。

 

（3）蛋白浓度梯度设置

     为确定蛋白与DNA结合的最佳比例，需设置系列浓度梯度的重组蛋白进行实验，避免因蛋白浓度过高导致条带拖尾，或浓度过低无法形成可检测的复合物带。

 

2、 细胞核蛋白提取物使用的注意事项

（1）提取物的制备质量

     细胞核蛋白提取物的纯度和活性直接决定实验成败。制备过程中需严格保持低温（4℃操作），加入足量蛋白酶抑制剂和磷酸酶抑制剂，防止目标蛋白降解或去磷酸化（磷酸化修饰常影响转录因子的DNA结合活性）；同时需去除提取物中的核酸杂质（可加入DNase I、RNase A处理），避免核酸与蛋白或探针竞争结合。

    提取物的蛋白浓度需定量（如BCA法），保证不同实验组间上样量一致，避免因蛋白总量差异导致结果误判。

 

（2）特异性验证实验必不可少

    由于提取物成分复杂，必须设置多重对照：

     冷竞争对照：加入过量未标记的特异性探针，若特异性条带消失，证明条带为目标蛋白-DNA复合物；

     非特异性竞争对照：加入过量未标记的非特异性探针（如突变型探针），若条带不消失，进一步确认结合的特异性；

     超迁移对照：加入目标蛋白的特异性抗体，若原复合物带的迁移率降低（形成抗体-蛋白-DNA三元复合物），可直接定位目标条带。

 

（3）背景杂带的处理

     若非特异性条带过多，可优化结合缓冲液的离子强度（如调整KCl浓度），或增加 poly (dI:dC) 的用量；也可通过预孵育（先将提取物与竞争DNA孵育，再加入探针）减少杂蛋白结合。